Jest absolwentem Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego, rocznik 1999. W 2008 roku ukończył specjalizację chorób wewnętrznych (tzw. Internę). Natomiast w 2017 roku specjalizację z kardiologii.
W czasie wolnym od pracy doktor Szarkowski podróżuje oraz bierze udział w wyprawach rowerowych.
